FS2004の場合、Scenery.cfgだけでなく、NewScenery.cfgが存在します。
シーナリーライブラリーからNewScenery.cfgに変更登録を書き込んでから 再起動することによりScenery.cfgに書き換えられる手順をふんでいます。
これが原因でシーナリー・インストーラーを使った場合、未登録が発生することがあります。
未登録を防ぐ手段としては、インストール前に、FSを一旦起動、 何も触らないで終了。　その後にインストールしてください。